Mal di testa

[Leo1972]

Da buon socio dell'A.M.B. ho ricevuto l'ultimo numero del 2016 di "Rivista di Micologia" da pochi giorni...
Leggendo il capitolo delle "Novità nomenclaturali " sono stato colto da un principio di stornità, nonchè perdita di appetito e giramento di b..le, dovuti molto probabilmente alla mia ignoranza nel campo della micologia e alla saggezza di pochi al mondo.
Allego un estratto di un capitolo che parla di Ramarie diventate Clavvarie ecc...
C'è qualcuno del Forum che mi spieghi il significato di quanto sottolineato ?

[GAmbr]

Provo a dare un'interpretazione formale.
La descrizione originale manca del'holotypus (quindi campioni di erbario e iconografia). Quindi sono stati designati un lectotypus (iconografia del 1770) e un epytipus (raccolta del 1972) per meglio definire l'interpretazione originale.
L'epitypus è stato sequenziato (cioè estratta una certa porzione del DNA) e confrontato con sequenze di altre specie (e/o raccolte, da questo testo non si evince) ottenendo un albero filogenetico, il quale esprime il grado di parentela tra le specie considerate.
Un clade è un raggruppamento di specie che hanno un singolo antenato comune nell'albero filogenetico.
Con "robusti valori di bootstrap" si intende sostenere la "bontà" dell'albero filogenetico ottenuto. La tecnica è quella di perturbare i dati in ingresso (sequenze analizzate) per vedere cone cambierebbe l'albero filogenetico risultante. Quindi vuol dire che anche con una perturbazione dei dati l'albero è rimasto praticamente lo stesso.

Detto questo però non mi è chiaro dove si vuole arrivare con questa frase.

Ciao
Gianni

[Filippo Negosanti]

Sempre molto preciso il nostro Gianni
Questioni tecniche a parte, gli autori dell'articolo riportano i dati e le conclusioni riguardo lo studio delle specie in questione, come è prassi.
Gianni cosa non ti è chiaro? E' solo una dicitura formale.....

[GAmbr]

Filippo, non mi è chiaro in fin dei conti cosa significhi tutta la frase. Intendo dire, cosa serve scriverlo se non serve a nulla? Che l'epitypus sia in un clade assieme ad altre specie e che l'albero filogenetico sia "ottimo" ... embeh? Cosa ci cambia? Dobbiamo dedurre qualcosa? Se si deve dedurre qualcosa forse mancano dei chiarimenti e forse non era in quel contributo il posto adatto, oppure era meglio non scrivere quella frase.

Ciao
Gianni

[djmark]

O forse la fretta di fare per forza nuovi cambiamenti prima che qualcun altro poi li faccia, rimandando poi a successivi articoli le spiegazioni...
Non sarebbe una novità...ed è ciò che proprio non mi piace della micologia attuale...

[Filippo Negosanti]

ma non mi sembra strano che sottolineino la bontà dei loro studi a riprova di un lavoro corretto.
A Brescia c'era anche l'autore dell'articolo.....

[Leo1972]

Grazie Gianni per la tua tempestiva spiegazione.
Come puoi ben capire dalle mie righe, sono un "fervente" assertore della macroscopia che allineandola con l'esperienza di campo, conoscendo l'habitat e la stagionalizzazione (anche se adesso si va verso una destagionalizzazione) della crescita, si può determinare la maggior parte dei funghi.
So benissimo che la microscopia sia fondamentale per la determinazione di molte specie, ma, secondo mio personale pensiero, il "DNA" sta creando confusione e distacco verso gli amanti del "conoscere" la micologia. Mi sembra che stia diventando un "affare" di nicchia.
Quanto inviato riguarda un articolo che spiega più specie, facente parte di un periodico trimestrale "Rivista di micologia" che viene spedito a tutti i soci A.M.B., se non sbaglio circa 11.000 persone. Sono quasi certo che il 99% di quelli che hanno tentato di leggere quelle poche righe hanno scosso la testa e girato pagina.
Io che seguo in prima persona le mostre del mio gruppo faccio sempre molta fatica a spiegare/giustificare i "nuovi nomi", ora con l'avvento del "DNA" mi pare impossibile dare una plausibile e completa spiegazione a chi ne vuole sapere di più, ma non è uno biologo.
Grazie ancora.
P.S: cosa vuol dire "perturbare i dati in ingresso (sequenze analizzate) per vedere cone cambierebbe l'albero filogenetico risultante" ?

[Filippo Negosanti]

C'è troppa diffidenza attorno al molecolare, anche se è comprensibile che ci sia difficoltà di comprensione.
Lo studio del DNA associato alla micologia ha portato sicuramente questo mondo ad un più alto livello scientifico e conseguentemente ad un progressivo e sempre crescente distacco tra appassionati e studiosi/autori. Ormai lo sappiamo tutti, sono già vent'anni che si revisiona e si pubblica in nome del molecolare. Poi che ci siano dei difetti è un'altro discorso ma la strada intrapresa è quella e certamente ci sarà il tempo e il modo di perfezionare e comprendere meglio come applicare o conciliare tutta questa montagna di dati, macro micro e sequenze. Vedremo.
La questione tassonomica è una naturale evoluzione di tutto ciò. Se guardiamo alla storia di ogni specie ci accorgiamo che "il nome corrente" altro non è che il risultato di un percorso complesso, lungo anche 2 secoli, di frammentazione nomenclaturale. un esempio comune, Calocybe gambosa tanto famosa è passata dall'essere Tricholoma, Lyophyllum ed infine Calocybe in tempi recenti senza passare dalle analisi molecolari.
Di contro, Pholiota aegerita diventata Agrocybe aegerita senza sequenze sembra "vergogna" che ora debba essere chiamata Cyclocybe cylindracea? non mi pare coerente.....
Stiamo vivendo semplicemente in uno dei tanti periodi di cambiamento e innovazione, quindi, solo il tempo ci dirà se abbiamo trovato la stabilità tassonomica.
Non sono avvocato dello studio molecolare applicato alla micologia ....per carità. Penso anch'io che ci siano problemi da aggiustare (per quel che vale la mia opinione in merito) ma non mi precludo nulla e resto alla finestra come osservatore, altro non posso fare.
Riguardo all'ultima frase di Leo " perturbare dati di ingresso.....etc" riguarda probabilmente la questione della radice da inserire come elemento differenziale tra le sequenze vicine tra loro, es. con 40 sequenze di Entoloma(campionario studiato) viene inserito una sequenza di Lyophyllum leucophaeatum (radice), questo procedimento seppur spiegato in maniera moooooolto sintetica enfatizza le distanze tra le specie e sopratutto ci danno la possibilità di visualizzare la dinastia, avendo un antenato comune (Entoloma e Lyophyllum hanno un antenato comune essendo entrambe Agaricales)

[Filippo Negosanti]

Sempre riguardo la "perturbazione dei dati in ingresso".
Considerando come esempio quello che ho già citato, 40 sequenze di Entoloma vari e 1 di Lyophyllum, si creano tanti alberi filogenetici quante sono le possibilità matematiche sottraendo una sequenza sempre diversa a turno (creazione dell'albero senza n°1, reimmetto n°1 e tolgo n°2 e così via), per poi sovrapporli ed avere un solo albero come risultato. Questo sistema è detto "consenso bayesiano".

[Raffaella13]

Grazie a Leo per aver posto il quesito e a Gianni e Filippo che con le loro considerazioni e spiegazioni mi rendono meno ostica la comprensione di come evolve lo studio DNA e filogenesi nei Fungi. Senza la pretesa di arrivare a capire tutto perché mi mancano basi importanti scientifiche, sono comunque grata per il loro sforzo di comunicazione semplificato a mio livello. Un