La cladistica

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Gaspy
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La cladistica

Messaggio da Gaspy » 28 apr 2014, 10:51

La Cladistica
Letto quanto sopra, mi si può chiedere " E allora? " A che mi serve sapere come funziona se io non posso avvalermene in senso pratico?
La cladistica, o tassonomia cladistica, (dal greco κλάδος kládos = ramo), è un metodo di classificazione dei viventi, messo a punto da Willi Hennig (1913-1976), che si basa sul grado di parentela ovvero sulla distanza nel tempo dell'ultimo progenitore comune.
È nota anche come sistematica filogenetica.
In base al metodo di classificazione cladistica animali e piante vengono disposti in gruppi tassonomici monofiletici - i cladi - comprendenti un antenato comune e tutti i suoi discendenti.
Le relazioni evolutive sono stabilite a partire dai caratteri condivisi, le omologie, presumendo che esse stiano ad indicare un antenato comune. Le strutture omologhe sono quelle che, in diversi organismi, hanno un'origine comune, anche se non necessariamente la stessa funzione. Ad esempio, i cheliceri dei chelicerati sono omologhi alle seconde antenne dei crostacei.
Le omologie si contrappongono alle analogie (o omoplasie). Due caratteri sono analoghi quando non hanno un'origine comune ma condividono la stessa funzione. Ad esempio, le ali degli uccelli sono analoghe alle ali delle farfalle, anche se evoluzionisticamente sono due cose distinte.
Lo studio cladistico si basa sull'identificazione delle omologie presenti in un gruppo in studio.
Viene poi determinata la polarità di tali omologie, cioè si assume che gruppi di organismi di più recente parentela condividano caratteri omologhi derivati. Questi caratteri derivati si sono originati da una forma ancestrale di quei caratteri, presente prima delle diramazioni che hanno dato origine al gruppo di organismi in studio.
Per stabilire quale sia la forma ancestrale e derivata di un carattere si identifica un outgroup, cioè un gruppo di organismi esterno al gruppo in studio, perché originato da un antenato più antico, ma più vicino evoluzionisticamente al gruppo in studio più di quanto sia qualunque altro gruppo esterno. Lo stato del carattere presente nell'outgroup viene considerato ancestrale (plesiomorfo) mentre lo stato o gli stati dei caratteri presenti nel gruppo in studio vengono definiti caratteri derivati (apomorfi).
La condivisione di "caratteri derivati" da parte di un gruppo di organismi viene detta sinapomorfia, e le sinapomorfie sono indice di monofilia, cioè portano a considerare i membri di quel gruppo come derivati da un unico antenato comune.
Per la cladistica solo i gruppi monofiletici, cioè organismi che condividono un antenato comune recente, possono essere elevati al rango di clado e costituire una categoria tassonomica.
La classificazione si basa inoltre sull’assunto che due nuove specie si formino "improvvisamente" (cioè in un "breve" tempo geologicamente parlando secondo la teoria degli "equilibri punteggiati") per separazione da un antenato comune anziché attraverso un graduale cambiamento evolutivo. Tali relazioni sono illustrate mediante diagrammi - i cladogrammi - formati da un sistema di ramificazioni dicotomiche (vedi dendrogramma). Ciascun punto di ramificazione rappresenta una divergenza da un antenato comune.
Linee filetiche discendenti dallo stesso ramo si dicono gruppi monofiletici. Se tale gruppo non comprende tutti i discendenti del progenitore ancestrale verrà detto parafiletico.
Due taxa derivanti da un comune progenitore sono chiamati gruppi fratelli o, secondo la terminologia inglese, sister taxa o sister groups.
Una analisi cladistica si può basare su un'ampia varietà di dati, incluse le analisi di sequenza del DNA (cosiddetti "dati molecolari"), dati biochimici e dati morfologici.
Prima dell' avvento della biologia molecolare, la cladistica veniva presunta dai caratteri omologhi. Si veniva a formare uno o più dendrogrammi basandosi sulle conoscenze in possesso e cioè sui caratteri morfologici, chimici e biologici (citologici).Con l' avvento del DNA le cose sono cambiate, nel senso che i dendrogrammi vengono effettuati con il criterio del massimo consenso e in base al principio di parsimonia, studiando l' evoluzione delle proteine. Agendo in questo modo si sono venuti a scartare molti elementi che i tassonomi fino agli anni 90 consideravano come elementi di raggruppamento (ad esempio quelli indicati nella prima parte). Elementi cioè che si sono ripresentati più volte durante l' evoluzione, man mano che i gruppi si allontanavano.
Poiché nessuno di noi va in bosco con il laboratorio, il concetto base è quello di un libro giallo "alla rovescia". Cioè prima si conosce il risultato e poi si considerano gli elementi che sono comuni ad un certo ragruppamento . Ecco che molti dei libri divulgativi offrono una tassonomia molto limitativa e limitata praticamente alle specie.

Dendrogramma

Il dendrogramma è uno strumento grafico per la visualizzazione dei coefficiente di similarità quantificato dalle varie macchine e dai vari cluster nel processo di “raggruppamento”. Nelle tecniche di clustering, il dendrogramma viene utilizzato per fornire una rappresentazione grafica del processo di raggruppamento delle istanze (o unità statistiche, o records, o elementi dell'insieme), che esprime:
• nell'asse delle ascisse, la distanza logica dei clusters secondo la metrica definita
• nell'asse delle ordinate, il livello gerarchico di aggregazione (valori interi positivi)
La scelta del livello gerarchico (del valore dell'asse Y) definisce la partizione rappresentativa del processo di aggregazione.

Come si vede dall' esempio la scelta effettuata dal DNA ci permette, attraverso la descrizione della specie di identificare la specie buona ed i sinonimi; ma, analogamente si procede per i taxa superiori alla specie
Esempio di dendrogramma
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Re: La cladistica

Messaggio da mefi » 28 apr 2014, 19:58

Ciao Bruno, intanto -6565 per questi post molto istruttivi

2 domande:

1.Le Analogie (omoplasie) sono i risultati della cosiddetta "evoluzione convergente"?

2.In termini di differenza tra organismi che significato pratico ha l'asse delle ascisse nel dendrogramma? "la distanza logica dei clusters secondo la metrica definita" non mi é molto chiaro



-5327

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Re: La cladistica

Messaggio da Gaspy » 28 apr 2014, 20:20

mefi ha scritto:Ciao Bruno, intanto -6565 per questi post molto istruttivi

2 domande:

1.Le Analogie (omoplasie) sono i risultati della cosiddetta "evoluzione convergente"?

2.In termini di differenza tra organismi che significato pratico ha l'asse delle ascisse nel dendrogramma? "la distanza logica dei clusters secondo la metrica definita" non mi é molto chiaro



-5327
1) esatto le omoplasie sono il risultato dell' evoluzione, mentre le analogie sono caratteri comuni occorrenti anche in specie diverse in diversi momenti della stroria evolutiva
2) nei dendrogrammi (che meglio sarebbe girare di 90°) le ascisse rappresentano le specie a confronto. La lunghezza di ogni dendron (=ramo) è reale in percentuale. Quanto più corto è il ramo quanta maggiore la probabilità di vicinanza tassonomica.

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Re: La cladistica

Messaggio da mefi » 28 apr 2014, 20:41

Gaspy ha scritto:
mefi ha scritto:Ciao Bruno, intanto -6565 per questi post molto istruttivi

2 domande:

1.Le Analogie (omoplasie) sono i risultati della cosiddetta "evoluzione convergente"?

2.In termini di differenza tra organismi che significato pratico ha l'asse delle ascisse nel dendrogramma? "la distanza logica dei clusters secondo la metrica definita" non mi é molto chiaro



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1) esatto le omoplasie sono il risultato dell' evoluzione, mentre le analogie sono caratteri comuni occorrenti anche in specie diverse in diversi momenti della stroria evolutiva
2) nei dendrogrammi (che meglio sarebbe girare di 90°) le ascisse rappresentano le specie a confronto. La lunghezza di ogni dendron (=ramo) è reale in percentuale. Quanto più corto è il ramo quanta maggiore la probabilità di vicinanza tassonomica.

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Re: La cladistica

Messaggio da Gaspy » 29 apr 2014, 09:38

Spero di avervi aiutato a comprendere come nasce un fungo in........letteratura. Se avete domande siete benvenuti. Poi prego gli amministratori di spotar e nel corso di micologia.
Grazie

Vincenzo Migliozzi
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Re: La cladistica

Messaggio da Vincenzo Migliozzi » 29 apr 2014, 10:08

Gaspy ha scritto:Spero di avervi aiutato a comprendere come nasce un fungo in........letteratura. Se avete domande siete benvenuti. Poi prego gli amministratori di spotar e nel corso di micologia.
Grazie
..........io direi in laboratorio piuttosto che in letteratura.

Ma non certamente per moltissimi di noi.

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Re: La cladistica

Messaggio da Gaspy » 01 mag 2014, 11:55

Vincenzo Migliozzi ha scritto:
Gaspy ha scritto:Spero di avervi aiutato a comprendere come nasce un fungo in........letteratura. Se avete domande siete benvenuti. Poi prego gli amministratori di spotar e nel corso di micologia.
Grazie
..........io direi in laboratorio piuttosto che in letteratura.

Ma non certamente per moltissimi di noi.

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Sai Enzo, se uso gli occhiali per scrivere un testo non posso certamente dire che il testo è merito degli occhiali!!!!! faffafhhd thrthrwhrw -5367

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Re: La cladistica

Messaggio da cos » 01 mag 2014, 12:18

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Re: La cladistica

Messaggio da Vincenzo Migliozzi » 01 mag 2014, 14:48

Gaspy ha scritto:
Vincenzo Migliozzi ha scritto:
Gaspy ha scritto:Spero di avervi aiutato a comprendere come nasce un fungo in........letteratura. Se avete domande siete benvenuti. Poi prego gli amministratori di spotar e nel corso di micologia.
Grazie
..........io direi in laboratorio piuttosto che in letteratura.

Ma non certamente per moltissimi di noi.

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Sai Enzo, se uso gli occhiali per scrivere un testo non posso certamente dire che il testo è merito degli occhiali!!!!! faffafhhd thrthrwhrw -5367
Ma mentre chi desume attraverso la letteratura che una specie è sp.nova..........chi usa le molecole non usa né microscopio né biblioteca e fa solamente uso del laboratorio.......... abasbba

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Re: La cladistica

Messaggio da Gaspy » 01 mag 2014, 15:32

Ma la letteratura viene redatta (almeno per le persone serie) in base alle risultanze, sia delle esperienze dirette, sia dei procedimenti di analisi, chimica, citologica, biologica. Oggi come oggi, visti i progressi della scienza, chi insiste a concepire i taxa in base alle proprie intuizioni è un imbonitore (e di esperienze francesi ne abbiamo a iosa).
Vero è che non esistono più i buoni diagnostici, ma ormai i medici si basano soltanto sui dati di.....laboratorio! -2107

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