Come usare il BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

mefi
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Re: Come usare il BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

Messaggioda mefi » 22 dic 2013, 11:03

-6565 -6565

Vincenzo Migliozzi
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Re: Come usare il BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

Messaggioda Vincenzo Migliozzi » 24 dic 2013, 11:13

mefi ha scritto:-6565 -6565


Ma così come è .............a cosa può servire ?

Per creare nuove Chiavi analitiche ?
Per separare tra loro le specie separate già da un differente nome ?

Per curiosità ?
Per altro ??

-6565 -6565

mefi
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Re: Come usare il BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

Messaggioda mefi » 24 dic 2013, 11:35

Vincenzo Migliozzi ha scritto:
mefi ha scritto:-6565 -6565


Ma così come è .............a cosa può servire ?

Per creare nuove Chiavi analitiche ?
Per separare tra loro le specie separate già da un differente nome ?

Per curiosità ?
Per altro ??

-6565 -6565



Generalmente viene usato per inquadrare una specie di cui si ha la sequenza molecolare ma non ė stata determinata (ad esempio un campione di micelio) oppure per lavori di filogenetica ad ampio respiro, comunque io lo uso per curiositá.


-5327

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Re: Come usare il BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

Messaggioda Vincenzo Migliozzi » 24 dic 2013, 18:34

mefi ha scritto:
Vincenzo Migliozzi ha scritto:
mefi ha scritto:-6565 -6565


Ma così come è .............a cosa può servire ?

Per creare nuove Chiavi analitiche ?
Per separare tra loro le specie separate già da un differente nome ?

Per curiosità ?
Per altro ??

-6565 -6565



Generalmente viene usato per inquadrare una specie di cui si ha la sequenza molecolare ma non ė stata determinata (ad esempio un campione di micelio) oppure per lavori di filogenetica ad ampio respiro, comunque io lo uso per curiositá.


-5327

Ma questo lo sapevo !

Ma siccome a noi manca la sequenza di una data specie...........a cosa serve senza la sequenza che non ho ?

-5327

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Re: Come usare il BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

Messaggioda mefi » 24 dic 2013, 19:24

Vincenzo Migliozzi ha scritto:
mefi ha scritto:
Vincenzo Migliozzi ha scritto:
mefi ha scritto:-6565 -6565


Ma così come è .............a cosa può servire ?

Per creare nuove Chiavi analitiche ?
Per separare tra loro le specie separate già da un differente nome ?

Per curiosità ?
Per altro ??

-6565 -6565



Generalmente viene usato per inquadrare una specie di cui si ha la sequenza molecolare ma non ė stata determinata (ad esempio un campione di micelio) oppure per lavori di filogenetica ad ampio respiro, comunque io lo uso per curiositá.


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Ma questo lo sapevo !

Ma siccome a noi manca la sequenza di una data specie...........a cosa serve senza la sequenza che non ho ?

-5327



Serve a rispondere alla domanda "cosa dice il DNA sulla specie tal dei tali?" Senza dover avere tutti gli articoli originali e confrontando molte più specie e-o sequenze di quelle presenti in un singolo articolo.


-5327

GAmbr
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Re: Come usare il BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

Messaggioda GAmbr » 25 nov 2015, 10:43

mefi ha scritto:questo è il risultato che si ottiene

Immagine 12.png



per ottenere questo risultato -> viewtopic.php?p=468021#p468021
ho tolto la spunta da "Show distance" e dal menu a destra (Sequence label) ho scelto "Taxonomic name"





-5327

Scusa Andrea ma e` possibile ottenere le distanze su ogni nodo con BLAST di NCBI?

Ciao
Gianni

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Re: Come usare il BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

Messaggioda Massimo Sanna » 14 giu 2016, 16:06

Una spiegazione molto esaustiva. Complimenti Andrea!

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Re: Come usare il BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

Messaggioda GAmbr » 14 giu 2016, 16:46

GAmbr ha scritto:Scusa Andrea ma e` possibile ottenere le distanze su ogni nodo con BLAST di NCBI?

Mi rispondo da solo: NO. Per farlo ho usato MEGA.

Ciao


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