Come usare il BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

mefi
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Come usare il BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

Messaggio da mefi » 21 dic 2013, 20:04

Online sono disponibili vari "Tools" (strumenti) che consentono di allineare una data sequenza di basi di RNA o proteine con altre già presenti nelle banche dati apposite.

Una di queste applicazioni web più facili da usare è a parere mio il BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)


Si trova nel sito del National Center for Biotechnology Information, sito governativo statunitense (è lo stesso di PubMed).

LINK -> http://www.ncbi.nlm.nih.gov/


Ecco la pagina che si presenta aprendo il link.
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Re: Come usare il BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

Messaggio da mefi » 21 dic 2013, 20:06

se volessimo "indagare" su Suillus flavidus, scriviamo il nome della specie nel campo di ricerca e selezioniamo "Nucleotide" dal menu a sinistra del campo


così
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Re: Come usare il BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

Messaggio da mefi » 21 dic 2013, 20:07

si aprirà una pagina con le varie sequenze di Suillus flavidus presenti nella banca dati
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Re: Come usare il BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

Messaggio da mefi » 21 dic 2013, 20:12

adesso ne va selezionata una, consiglio di scegliere quella col numero di basi più vicino a 1000, perchè le sequenze più corte sono meno precise, mentre le sequenze più lunghe sono rare e portano risultati che comprendono le poche specie a disposizione, che sovente sono molto distanti dalla specie che vogliamo indagare


il numero di basi è quello scritto sotto al nome della sequenza, per selezionare la sequenza basta cliccarci sopra


in questo caso ho scelto questa
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Re: Come usare il BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

Messaggio da mefi » 21 dic 2013, 20:14

una volta aperta la sequenza ci si troverà davanti ad una pagina con tutti i dati della stessa, per "allinearla" bisogna cliccare sul link a destra: Run BLAST
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Re: Come usare il BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

Messaggio da mefi » 21 dic 2013, 20:17

ecco la pagina che si apre, dove si possono scegliere le opzioni di allineamento, generalmente io lo imposto come da immagini allegate


cliccando sul pulsante blu "BLAST" si lancia il processo
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Re: Come usare il BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

Messaggio da mefi » 21 dic 2013, 20:19

la finestra si aggiornerà per qualche volta e ci sarà un po' da aspettare e poi si aprirà la pagina che vedete qui sotto


se si clicca sulla scritta "Distance tree of results" otterrete un diagramma filogenetico con tutte le sequenze scelte dal programma
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Re: Come usare il BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

Messaggio da mefi » 21 dic 2013, 20:23

siccome tra le sequenze scelte dal programma se ne trovano sovente di provenienti da determinzioni incomplete (ad es. Suillus sp.) scorriamo la pagina verso il basso e scegliamo solo quelle che riteniamo interessanti e clicchiamo sulla scritta "Distance tree of results" presente sopra alla finestra di selezione
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Re: Come usare il BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

Messaggio da mefi » 21 dic 2013, 20:28

questo è il risultato che si ottiene
Immagine 12.png

per ottenere questo risultato -> viewtopic.php?p=468021#p468021
ho tolto la spunta da "Show distance" e dal menu a destra (Sequence label) ho scelto "Taxonomic name"





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fuscoruber
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Re: Come usare il BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

Messaggio da fuscoruber » 21 dic 2013, 22:50

Boletom-boy ha scritto:hhhsdhhh :mm: -6116 -6116 -6116 -5327
Non posso che quotare Thomas ghdzhmò hhhsdhhh -6116

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